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【中國科學(xué)報】從“1”開(kāi)始 實(shí)現“0”的突破

發(fā)表日期:2021-12-24來(lái)源:水生生物研究所放大 縮小

國家斑馬魚(yú)資源中心1號主魚(yú)房 

斑馬魚(yú)  水生所供圖 

  斑馬魚(yú),因全身布滿(mǎn)多條藍色條紋似斑馬而得名。這種并不起眼的生物,卻是撬動(dòng)許多學(xué)科發(fā)展的基礎:其基因和人類(lèi)相似度達到87%,廣泛應用在生命科學(xué)、健康科學(xué)和環(huán)境科學(xué)等研究中,與線(xiàn)蟲(chóng)、果蠅、小鼠并稱(chēng)四大模式動(dòng)物。

  從2013年開(kāi)始,在中國科學(xué)院院士朱作言、孟安明的號召下,國內30多家實(shí)驗室先后加入到斑馬魚(yú)1號染色體全基因敲除聯(lián)盟。經(jīng)過(guò)6年協(xié)作攻關(guān),科學(xué)家針對斑馬魚(yú)1號染色體上的1333個(gè)基因進(jìn)行系統性基因敲除,成功敲除了其中1029個(gè)基因,實(shí)現了中國斑馬魚(yú)資源庫“從0到1”的突破,也為相關(guān)學(xué)科開(kāi)展研究奠定了基礎。

  在國家“十三五”科技創(chuàng )新成就展上,由中國科學(xué)院水生生物研究所(以下簡(jiǎn)稱(chēng)水生所)牽頭完成的這一成果——“建成自主知識產(chǎn)權的大規模斑馬魚(yú)定向突變體庫”入選基礎研究展區,出現在生物科技相關(guān)成果的第一塊展板上。

  做基礎研究的基礎 

  與小白鼠相比,斑馬魚(yú)的繁殖力強、發(fā)育迅速、胚胎透明、體外受精、體外發(fā)育等生物學(xué)特征,更加便于科學(xué)研究。但在2012年之前,國內對斑馬魚(yú)的研究卻非?!靶”姟?span style="line-height: 150%">,只有少數實(shí)驗室在開(kāi)展相關(guān)研究。 

  而在同一時(shí)期,美國、歐洲都建成了斑馬魚(yú)資源中心,中國臺灣、澳大利亞等地區也都建有斑馬魚(yú)庫。此前,歐美國家發(fā)起過(guò)幾次“從表型到基因型”的正向遺傳學(xué)突變體庫構建和篩選計劃,但這些突變體全部保藏在國外,中國科研人員很難獲取,加之知識產(chǎn)權等原因,轉化研究更加受限。

  “沒(méi)有斑馬魚(yú)研究作為基礎,很多學(xué)科的基礎研究也很難開(kāi)展?!敝锌圃核芯繂T孫永華介紹,開(kāi)展斑馬魚(yú)的研究是許多“基礎研究工作的基礎”。 因此,建立自己的斑馬魚(yú)資源庫和自主知識產(chǎn)權的斑馬魚(yú)突變體庫尤為迫切。

  國家層面也意識到斑馬魚(yú)研究的重要性,2012年10月,國家斑馬魚(yú)資源中心在中科院水生所成立,主要任務(wù)就是為國內收集、創(chuàng )制、整理、保藏和分享斑馬魚(yú)研究資源。

  然而設立中心僅僅是第一步,如何大規模創(chuàng )制和收集斑馬魚(yú)品系資源才是最迫切需要解決的問(wèn)題。幾個(gè)月后,新一代基因編輯技術(shù)CRISPR/Cas9系統問(wèn)世,讓中國斑馬魚(yú)研究人員看到了曙光?!澳菚r(shí),‘基因剪刀技術(shù)’剛剛被證實(shí)有效,大家敏銳地意識到這個(gè)技術(shù)能夠非常高效地定制我們所需要的斑馬魚(yú)品系?!睂O永華回憶道。

  2013年2月,CRISPR/Cas9技術(shù)被成功應用于斑馬魚(yú)。在朱作言院士、孟安明院士的召集下,來(lái)自中科院水生所、清華大學(xué)、中科院動(dòng)物研究所、北京大學(xué)等24家機構的30多名學(xué)者迅速集結,組成了“斑馬魚(yú)1號染色體全基因敲除聯(lián)盟(ZAKOC)”,開(kāi)啟了“從基因型到表型”的斑馬魚(yú)大規模反向遺傳學(xué)篩選研究。

  凝練斑馬魚(yú)研究“國家隊” 

  “當時(shí)大家已經(jīng)意識到,斑馬魚(yú)是一種很重要的實(shí)驗材料。只有中國積累起足夠的實(shí)力,才能去談國際合作問(wèn)題。只跟在別人后面做,必定要受制于人?!?北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授張博是該聯(lián)盟的發(fā)起人之一。她表示,盡管有很多不確定性,但意識到其中的戰略意義,國內斑馬魚(yú)界的力量很快以中科院水生所為中心集結起來(lái)。

  “中國人喜歡從‘1’開(kāi)始,大家也一致認為要從斑馬魚(yú)的1號染色體開(kāi)始敲?!睂O永華表示,斑馬魚(yú)有25條染色體,其中1號染色體有1300多條基因,基因數量是25條染色體的平均數,作為樣本非常合適。

  雖然大家的熱情很高漲,但現實(shí)同樣“捉襟見(jiàn)肘”。

  一方面,作為重要的模式動(dòng)物,斑馬魚(yú)的基因敲除技術(shù)在當時(shí)仍不成熟,極大地限制了其基因功能研究。 

  “最大的挑戰在于沒(méi)有前人做過(guò),這是‘基因剪刀技術(shù)’出現后,首次在脊椎動(dòng)物上大規模應用,誰(shuí)也不知道會(huì )發(fā)生什么,只能見(jiàn)招拆招?!敝锌圃核呒壒こ處熍唆敎?014年加入項目,在她看來(lái),正是大家毫無(wú)保留的互相幫助,才能不斷“逢山開(kāi)路,遇水架橋”。

  據介紹,先后有30多家實(shí)驗室參與項目,實(shí)驗室間的完成度也難免會(huì )有差異?!坝龅嚼щy,大家首先想的總是怎么配合解決問(wèn)題?!睂O永華表示,經(jīng)常是某一家遇到瓶頸敲不動(dòng)了,其他實(shí)驗室就主動(dòng)領(lǐng)回來(lái)接著(zhù)敲。

  每隔一段時(shí)間,所有參與計劃的科研人員還會(huì )相互邀約,舉行項目協(xié)調會(huì ),了解彼此進(jìn)展,及時(shí)調整研究方案和策略?!皡f(xié)作精神是這支隊伍最大的特點(diǎn)。院士作為領(lǐng)銜科學(xué)家把控方向,各實(shí)驗室開(kāi)展工作也能勁往一處使?!睂O永華說(shuō)。

  另一方面,作為一個(gè)自發(fā)的科研聯(lián)合攻關(guān)團隊,這項工作并沒(méi)有專(zhuān)項經(jīng)費支持。魚(yú)要吃飯,人也要吃飯,實(shí)驗室也要運轉,都是最現實(shí)的問(wèn)題。絕大部分時(shí)候,能采取的方法只有一種:省吃?xún)€用,自籌經(jīng)費。

  “支撐大家堅持下去的,是作為中國科學(xué)家的責任感?!睆埐┨寡?,僅她所在的實(shí)驗室,前后就有二三十人參與到這項工作中。大部分人都是幕后英雄,尤其是研究生們?!暗ㄟ^(guò)參與這項研究,讓更多的青年科研人員掌握了最前沿的技術(shù),成為我們的生力軍?!?/font>

  回顧這幾年的工作,孫永華表示,科學(xué)探索本就充滿(mǎn)不確定性,但通過(guò)這項研究計劃,凝聚、鍛煉了一支科研隊伍,“這是我們最大的收獲”。

  發(fā)揮好建制化優(yōu)勢 

  經(jīng)過(guò)6年多的研究,前后四五百人的付出,中國科學(xué)家利用CRISPR/Cas9技術(shù),針對斑馬魚(yú)1號染色體上的1333個(gè)基因進(jìn)行系統性基因敲除,成功敲除了其中1029個(gè)基因,獲得針對636個(gè)基因的1039個(gè)可傳代的突變型,首次實(shí)現了脊椎動(dòng)物整條染色體的系統性基因敲除。

  所有突變品系和遺傳信息全部通過(guò)國家水生生物種質(zhì)資源庫——國家斑馬魚(yú)資源中心對學(xué)術(shù)界公開(kāi)。不僅引領(lǐng)了國際斑馬魚(yú)表型組研究,而且誕生了我國首個(gè)大規模斑馬魚(yú)定向突變體庫。中國的國家斑馬魚(yú)資源中心也被公認為國際三大斑馬魚(yú)資源庫之一。

  “從被哺乳到反哺,話(huà)語(yǔ)權就不一樣了?!睆埐┍硎?,回頭看過(guò)去幾年的付出,一切都是值得的。伴隨著(zhù)這一計劃,中國的斑馬魚(yú)學(xué)界不但完成了從0到1的突破,更搭建起一個(gè)平臺,吸引眾多海外青年學(xué)者回國建設實(shí)驗室。據統計,2020年,我國的斑馬魚(yú)研究產(chǎn)出的全球占比已超過(guò)29%,成為全球產(chǎn)出體量第一的國家。

  “協(xié)作是項目成功的重要原因,幾十家實(shí)驗室共同協(xié)作完成這樣一項工作,無(wú)論國內國外,都是不多見(jiàn)的?!睂τ谂唆敎退耐聜儊?lái)說(shuō),最直觀(guān)的工作體驗是從北京到廣州、從上海到成都,把分散在全國的斑馬魚(yú)品系收集起來(lái),然后整理歸類(lèi)。

  而作為牽頭單位,中科院水生所也通過(guò)這一計劃,建立起了斑馬魚(yú)品系保藏體系,并整合出一套工作流程,還鍛煉培養了一支技術(shù)過(guò)硬、富有經(jīng)驗的團隊?!鞍唏R魚(yú)1號染色體敲除計劃是一個(gè)開(kāi)始,幫我們理清了收集、驗證、保藏等等流程,為后續開(kāi)展更大規模的斑馬魚(yú)反向遺傳學(xué)篩選計劃奠定基礎?!睂O永華說(shuō)。

  “通過(guò)這項自發(fā)性協(xié)作研究的開(kāi)展,以斑馬魚(yú)1號染色體全基因敲除計劃為源頭,團結和凝聚了中國以斑馬魚(yú)作為模式動(dòng)物開(kāi)展研究的群體,進(jìn)一步促進(jìn)了以斑馬魚(yú)為對象在發(fā)育、代謝、毒理等基礎研究,以及其在生物技術(shù)創(chuàng )新、藥物研發(fā)、水產(chǎn)育種、水環(huán)境效應評價(jià)等領(lǐng)域的應用研究;以該團隊為核心,承擔了國家重點(diǎn)研發(fā)計劃中‘斑馬魚(yú)發(fā)育與代謝突變體庫的系統創(chuàng )制’項目,并在相關(guān)產(chǎn)業(yè)應用中正展現出良好的潛質(zhì)?!敝锌圃核L(cháng)殷戰表示。

  如今,正如中國的斑馬魚(yú)領(lǐng)域的科研工作一樣,中國的科研能力逐漸由并跑邁向領(lǐng)跑階段,更需要能動(dòng)性地發(fā)揮出建制化、大團隊協(xié)同作戰優(yōu)勢,聚焦基礎領(lǐng)域,開(kāi)展全鏈條、跨部門(mén)協(xié)同攻關(guān),才能為實(shí)現高水平科技自立自強提供有力保障。

(刊于《中國科學(xué)報》 2021-12-24 頭版頭條,網(wǎng)址鏈接:https://mp.weixin.qq.com/s/u4kL2ZwO3hB9S830vm-UoQ

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